awk  — утилита манипуляции файлами данных, выборка и обработка текста;
bg  — работа с множеством задач в терминале: перевод остановленной (Ctrl+Z) задачи на задний план;
cal  — календарь (за любой год);
cat, zcat  — выдает указанные файлы на STDOUT;
cd  — смена директории;
cksum  — подсчёт контрольной суммы и количества байтов файла;
clear  — очистка экрана терминала;
cmp  — побайтовое сравнение файлов;
comm  — построчное сравнение файлов;
cp  — копирование файлов и директорий;
cpio  — копирование файлов в архив и из архива (может использоваться для архивов);
cut  — вырезает из входного файла столбцы, строки и фракции по разделителю;
date  — отображает текущую дату и время;
dd  — преобразование, создание и другие манипуляции с файлами в двоичном виде:
ddrescue  — утилита настойчивого чтения носителей содержащих ошибки;
echo  — выполняет эхо-повтор строки на терминале;
exit  — завершить процесс с указанным кодом возврата;
fg  — работа с множеством задач в терминале: перевод остановленной (Ctrl+Z) задачи на передний план;
file  — определение типа файла, содержит информацию о множестве известных файлов;
find  — поиск:
gpg  — утилита шифрования и подписывания электронной подписью;
grep  — поиск указанной строки в указанных файлах или потоках;
gzexe  — архивирование в исполняемый модуль, с распаковкой при запуске;
gzip  — компрессия и декомпрессия файлов:
Примеры:
head  — показывает заголовок/начало указанного файла;
hexdump  — печать входного потока в указанном формате (DEC,HEX,OCT,ASCII);
history  — показывает нумерованный список истории команд;
ipcs  — показывает ресурсы IPC(inter process communication);
ipcrm  — удаляет ресурсы IPC(inter process communication);
kill, skill	 — посылка сигнала процессу;
let,bc,expr  — выполняет арифметические, логические и другие действия над числовыми значениями в переменных окружения;
ln  — создание и обслуживание ссылок;
locate  — поиск файла в уже созданной базе;
ls  — листинг директории или информация про файл/директорию;
md5sum  — подсчёт md5 суммы;
mkfifo  — утилита создания именованных каналов;
mknod  — утилита для создание специальных файлов;
more, less, zless  — просмотр файла постранично;
mpage  — печать нескольких страниц на одной;
nice,snice  — запуск команды с указанным приоритетом (-20 — +20);
nohup  — запуск команды с отвязкой от текущего терминала;
pidof  — показать PID работающей программы;
pr  — форматирование текстового файла для печати;
printenv, env  — показывает переменные окружения;
ps  — показывает запущенные в системе процессы;
pstree  — показывает дерево запущенных процессов;
renice  — изменение приоритета активного процесса (в скрипте);
rm  — удаление файлов и директорий;
rpm  — утилита для работа с RPM-пакетами:
-b файл.spec — частичная или полная обработка *.spec файла для сборки пакета:
screen  — консольный экранный менеджер - позволяет открывать команды в новом окне того же терминала с возможностью переключения (Ctrl+A), временного отключения (Ctrl+A,D) и восстановления сессии (screen -r);
sed  — потоковый редактор;
sleep  — усыпляет данный процесс на указанное количество секунд;
slocate — поиск файла по ранее созданной базе (slocate bash);
sort  — сортировка данных в файле/потоке;
split/csplit  — разбиение/сбор больших файлов на куски;
stat  — информация о файле/директории;
strings  — выделение символьных сообщений из не текстового файла;
symlinks  — утилита обслуживания символьных ссылок в системе;
tar  — создание архивов и пакетов;
tail  — показывает хвост указанного файла;
test  — проверка типов файлов и сравнение значений;
tee  — читает из стандартного входа, а затем записывает в стандартный выход и в файл;
touch  — обновление/установка отметки времени файла или создание пустого файла, при его отсутствии;
time  — определение времени и ресурсов выполнения команды;
tr  — трансляция символов (преобразование/замена одних на другие);
tree  — дерево части файловой системы;
updatedb  — создание и обновление базы данных для команды locate;
vi, vim  — очень мощный текстовый редактор с оригинальным управлением;
vimdiff  — просмотр сравниваемых файлов в vim;
wc  — подсчет количества строк, символов, слов и др. в файле;
which,whereis  — показывает полный путь к искомой программе;
adduser, useradd  — добавление пользователей в систему;
anacron  — периодический запуск программ без чёткой привязки ко времени, но обязательно;
apropos  — поиск man-страницы по ключевому слову;
arch  — архитектура текущей системы;
at, batch  — автоматизация разовых запусков программ в указанное время;
basename  — выделение имени файла/директории из полного пути;
badblock  — поиск плохих блоков на носителе (HDD, FDD);
chfn  — изменение имени пользователя и информация о нем;
сhgrp  — смена группы пользователей: файла, каталога ...;
chkconfig  — конфигурация уровней загрузки различных сервисов;
chmod  — смена режима доступа к файлу;
chown  — смена владельца и группы владельцев файла, каталога ...;
chroot  — смена корня текущей сессии;
chvt  — переключение на указанный терминал;
chsh  — смена типа командного интерпретатора;
consolechars  — загрузка консольных экранных шрифтов;
convmv  — перекодировка имён файлов/директорий с одной кодировки в другую (может понадобиться для перекодирования файлов на ФС: ext2, ext3, reisrfs);
cron  — планирование периодического запуска программ;
crontab  — формирование пользовательской конфигурации cron;
df  — информация о файловых системах данной машины;
dirname  — выделение имени директории из полного пути;
du  — получение информации о размере содержимого файла или директории;
dumpkeys  — dump карты клавиатуры;
export  — встроенная команда BASH для определения переменной окружения и экспортирования её для общей доступности;
fgconsole  — номер текущего терминала;
finger,who  — информация о всех пользователях системы;
free  — информация о состоянии памяти;
fuser  — выдает список процессов, использующих указанный файл или сокет, а также позволяет закрывать процессы занимающие ресурс;
getconf — запрос системных конфигурационных переменных, собранных glibc (флаг -a для получения всех переменных);
groupadd  — добавление группы пользователей;
groupdel  — удаление группы пользователей;
iconv  — преобразование содержимого файла из одной кодировки в другую кодировку;
id  — информация о пользователе;
info  — показать документацию из страниц связанной помощи (GNU-doc);
init  — утилита начальной загрузки;
loadkeys  — установка раскладки клавиатуры;
locale  — получение информацию о настройках локали (/etc/sysconfig/i18n);
localedef  — создание новой локали на основе базовой;
login  — вход в систему;
logname  — имя текущего пользователя;
logrotate  — утилита для автоматической упаковки, чистки и другой обработки логов;
lsof  — печатать списка открытых в системе файлов, сокетов, каналов, разделяемых библиотек и др.;
man,xman — показать страницу руководства;
mesg  — управление доступом на запись к текущему терминалу (для посылаемых сообщений);
mpage  — размещение нескольких страниц текста в одной и печать их на PostScript принтере;
ntpdate  — утилита синхронизации времени через Internet(www.ntp.org);
passwd  — смена пароля пользователя;
popd  — извлечь директорию из стека директорий;
pushd  — помещение текущей директории в стек директорий;
pwd  — получение полного имени текущей директории;
rlogin  — вход на удаленную систему;
scp  — безопасное копирование файлов посредством ssh:
service — утилита для операций над сервисами в /etc/rc.d/init.d;
set  — выполняет операции над переменными окружения (встроенная команда BASH), часто просто устанавливает переменную окружения;
setfont  — установка консольного шрифта;
setsid  — запуск программы в новой сессии;
sg, newgrp  — смена основной группы пользователя, или выполнение команды от имени указанной группы;
slogin  — вход в систему по шифрованному протоколу ssh (тоже что и ssh);
ssh  — вход в систему по шифрованному протоколу ssh или же удалённый запуск команд:
sshfs — Fuse модуль для монтирования файловой системы через ssh.
stty  — получение и установка параметров терминала, переопределение специальных клавиш;
su  — смена пользователя текущей сессии или выполнение команды от имени указанного пользователя (по умолчанию root);
sudo  — запуск отдельных программ от имени другого пользователя (нужно прописать в /etc/sudoers);
shutdown  — выключение системы;
talk  — двухсторонний разговор с другим пользователем;
tload  — информация о загрузке системы;
top, htop  — вывод информации о процессах с сортировкой по занимаемому времени;
tput  — управление терминалом;
tset, reset  — инициализация терминала на curses;
tty  — имя текущего псевдотерминала;
ulimit  — управление ограничениями пользователей.
umask  — определяет маску прав, по которой будут создаваться новые файлы;
uname  — печатает информацию о текущей OС;
unset  — очистка/удаление переменных окружения (встроенная команда BASH);
uptime  — время непрерывной работы системы;
users  — список пользователей в системе;
userdel  — удаление пользователей из системы;
usermod  — изменение учетной записи пользователя;
vmstat  — информация об использовании виртуальной памяти;
w  — информация о том что делает текущий пользователь;
wall  — передача широковещательного сообщения (всем пользователям системы);
watch  — периодический запуск указанной программы;
whoami  — сообщает имя текущего пользователя;
write  — написать сообщение указанному пользователю;
ytalk  — расширенная версия talk, с возможностью работы в X;
cdrecord — запись CD дисков;
cfdisk  — конфигурация разделов диска;
edquota  — редактирование квот файловой системы;
fdformat  — Форматирование дискеты;
fdisk  — работа с разделами диска;
fsck  — проверка файловой системы указанного типа;
fsck.<fs>  — проверка файловой системы типа <fs>;
hdparm  — установка параметров дисковой подсистемы;
loadlin.exe  — загрузка ядра linux из ОС DOS;
losetup  — создание петлевого устройства(loop) с криптованием;
mkfs  — создает FS указаного типа как на физический раздел, так и в файл;
mkfs.<fs>  — создание FS типа <fs>;
mkisofs — создание ISO образа из каталога;
mount — монтирование файловых систем:
Примеры:
parted  — очень мощный манипулятор дисковыми разделами;
quota  — квоты для текущего пользователя;
quotaon  — включение квот;
quotaoff  — выключение квот;
quotacheck  — проверка квот файловой системы;
quotastats  — состояние квот файловой системы;
tune2fs  — изменение параметров смонтированной ext2/ext3;
resize2fs  — изменение размера файловой системы ext2/ext3 на разделе (в связке с LVM);
resize_reiserfs  — изменение размера файловой reiserfs системы на разделе (в связке с LVM);
swapoff  — отключить свопинг;
swapon  — включить свопинг;
sync  — экстренный сброс буферов на диск;
umount  — отмонтировать файловую систему;
xcdroast  — X-оболочка для записи CD/DVD (над cdrecord и mkisofs).
appres  — информация о ресурсах X-приложений;
glxingo  — информация о расширении GLX (OpenGL);
gnome-session  — запуск дисплей-менеджера GNOME(GDM);
import  — создаёт снимок X-экрана или конкретного окна;
listres  — вывод списка X-ресурсов;
mkfontdir  — создает раскодировщик шрифтов в текущем каталоге (из указанного каталога);
showrgb  — наименования и значения стандартных цветов;
startkde  — запуск оконного менеджера KDE;
startx  — скрипт запуска X-сервера;
xdpyinfo  — информация о дисплее;
xev  — просмотр информации о событиях в окне;
xf86config  — конфигурация X-сервера;
xfontsel  — выбор шрифтов для X-сервера;
xfs  — сервер шрифтов;
xhost  — утилита управления доступом удалённых хостов к X-серверу;
xinit  — утилита запуска X, а затем указанного приложения (по умолчанию - xterm);
xkill  — завершение оконного приложения;
xlsfonts  — вывод списка шрифтов X-сервера;
xmag  — увеличение части экрана;
xmodmap  — изменение раскладки клавиатуры в X;
xosview  — выводит основную информацию об ОС;
xprop  — вывод реквизитов окна;
xrefresh  — перерисовка экрана;
xset  — утилита установки параметров X-сервера;
xsetroot  — установка вида корневого каталога;
xvidtune  — настройка параметров монитора (частоты кадров и строк);
xvinfo  — информация о расширении Xv;
xwininfo  — показать информацию об указанном окне;
xwd  — захват изображения на экране.
alsaconf  — установка звуковой карты на подсистеме звука ALSA;
dmesg  — протокол обнаружения оборудования ядром системы, как при загрузки, так и в процессе функционирования;
dmidecode  — декодер информации BIOS об оборудование системы и самом BIOS;
hwclock  — установка/считывание аппаратных часов (CMOS);
kbd_mode  — установка режима работы клавиатуры (RAW, MEDIUMRAW, XLATE, UNICODE);
lpr  — печать с файла или с потока на указанный принтер;
lpq, lpstat  — состояние очереди печати;
lprm  — удаление задания печати из очереди;
lscpu — перечень и информация о процессорах в системе;
lshal  — перечень оборудования обнаруженного и зарегистрированого в абстрактном слое оборудования HAL;
lshw  — мощная утилита сбора информации об оборудовании системы;
lspci  — выводит список устройств на PCI - шине;
lsusb  — перечень устройств на USB-шине;
pbm*  — преобразование, из графического формата *.pdm в формат принтера [*];
pciscan  — сканирование PCI-шины и отображение модулей(драйверов) необходимый для работы с устройствами на PCI-шине;
setleds  — установка светодиодов на клавиатуре;
setserial  — установка/конфигурация COM портов;
setterm  — установка параметров терминала;
showkey  — утилита для отображения сканкодов клавиш и кодов мапированных системой;
statserial  — утилита для контроля за состоянием последовательного(COM) порта;
tunelp  — установка параметров параллельного порта;
usbview  — утилита для просмотра и конфигурации USB-устройств.
alsamixer  — ALSA-микшер;
aumix  — консольный AUDIO-микшер;
cdparanoia  — позволяет «грабить» Audio-CD;
lame  — преобразование *.wav в *.mp3;
mencoder  — перекодировка видеофайлов с одного видеоформата в другой;
oggenc  — преобразование *.wav в *.ogg;
play  — проигрывание звуковых файлов;
rec  — запись в звуковой файл.
arp  — манипуляция системным ARP кешем (манипуляция аппаратными адресами);
ethereal  — мощный анализатор трафика сети;
ettercap  — cнифер(нюхатель) сети;
iptraf  — мощный и удобный сканер сети;
ifconfig  — утилита конфигурации сетевых интерфейсов (eth0, ppp0, lp0 ...);
iftop  — контроль общего трафика по интерфейсам;
ip  — основная утилита конфигурации роутинга, из IPROUTE2;
ipchains  — утилита конфигурации firewall на основе IP-цепочек (ядра 2.2.*);
iptables  — утилита конфигурации firewall на основе IP-таблиц (ядра 2.4.*);
lynx — консольный WEB-браузер. Может использоваться для выполнения различных действий над WEB-страницами в скриптах.
minicom, xminicom  — установка соединения с другой системой через модем(COM);
netstat  — состояние сети (отображает используемые сокеты и их состояния);
nmap,nmapfe  — сканер сети и его GUI, можно получить перечень открытых портов и т.д;
nmblookup  — утилита работы с NetBIOS (для SMB);
ping  — проверка связи с удаленным хостом, путём посылки служебных тестовых сообщений;
route  — утилита управление таблицей маршрутизации;
rsync — утилита для работы с протоколом rsinc, который, в свою очередь, используется для синхронизации по сети;
smbclient  — утилита для организации клиентских запросов к SMB-серверу;
smbprint  — печать на SMB-принтер;
traceroute  — проверка прохождения сетевых пакетов через сервера в сети;
tcpdump  — дамп TCP протокола, позволяет отслеживать различные запросы;
testparm  — проверка конфигурации файла smb.conf для SMB-сервера;
wget  — мощная утилита для выкачивания файлов из сети по протоколам: HTTP, HTTPS, и FTP.
mail, mailx  — создать сообщение;
mailq  — показать очередь отправляемых сообщений;
mutt,pine  — консольный почтовый клиент;
newaliases  — добавляет новые почтовые алиасы сервера исходящих сообщений;
procmail  — утилита автоматизации обработки почтовых сообщений;
sendmail  — управление сервером исходящей почты.
depmod — проверка зависимостей модулей (выполняется при добавлении новых модулей);
installkernel  — скрипт инсталляции ядра (используется после компиляции ядра - make install);
lsmod  — получение списка загруженных и работающих модулей;
insmod  — подключение модуля к ядру;
modinfo  — получение информации о модуле и его параметрах;
modprobe  — утилита управления модулями ядра, без параметров подключает модуль к ядру;
mkinitrd  — скрипт автоматического создания загрузочного образа RAM-диска (для подключения к ядру);
powertweak  — утилита для тонкого управления настройками ядра (через sysctl);
procinfo  — получить информацию о процессах и системе (из /proc);
ramsize  — конфигурация размера диска в памяти используемого образом ядра по умолчанию;
rdev  — конфигурация корневого каталога используемого образом ядра по умолчанию;
rmmod  — отключение модуля от ядра;
sysctl  — конфигурация параметров (/proc/sys/) ядра во время его работы;
vidmode  — конфигурация видеорежима используемого образом ядра по умолчанию.
aclocal  — утилита из инструментария Automake, генерирует макрос aclocal.m4 на основе файла configure.in;
ar  — создание/редактирование архивов(статических библиотек) из объектных модулей;
autoconf  — утилита из инструментария Autoconf, генерирует скрипт configure на основе configure.in;
automake  — утилита из инструментария Automake, генерирует Makefile.in на основе Makefile.am;
cpp  — препроцессор языка C (обычно вызывается из gcc);
ctags  — генерирует тег-файл для облегчения навигации по коду (используется редактором VIM);
ctrace  — для прослеживания выполнение C-программы по операторам;
cxref  — анализирует группу .c-файлов и строит для каждого файла таблицу перекрестных ссылок на автоматические, статические и глобальные имена.
dialog  — позволяет создавать диалоги в консоли, из скрипта (на основе ncurses);
diff  — поиск изменений в сравниваемых текстовых файлах;
f2c  — транслирует исходный код программы на языке "Fortran" в исходный код на языке "C";
gcc  — GNU коллекция компиляторов языка С,С++,ASM (с вызовом линкера);
gdb  — мощный консольный GNU дебагер;
indent  — утилита форматирования исходного текста под указанные требования;
lclint  — утилита проверки синтаксиса исходных модулей;
ldconfig  — активизировать изменения в файле /etc/ld.so.conf;
ldd  — показывает динамические библиотеки используемые программой;
lint  — обнаруживает в C-программах конструкции, которые могут привести к ошибкам во время выполнения, расточительно используют ресурсы или могут снизить мобильность программ;
ltrace  — трассировка динамических библиотек, программы указанной в параметре;
make  — используется для организации сложных проектов из десятков файлов;
memprof  — программа для определения утечек памяти в программах и др;
mtrace  — обработка лога созданного С-функцией mtrace;
nm  — используется для получения различной информации из таблицы имен объектных файлов обычного формата;
objdump  — позволяет получить много информации об объектном файле, а также дизасемблировать его;
od  — печать дампа файла;
p2c  — транслирует исходный код программы на языке "Pascal" в исходный код на языке "C";
patch  — внесение изменений в файл исходя из файла изменений;
prof, gprof  — получение статистики по времени выполнения каждой функции программы, для использования этой функции, необходимо скомпилировать с ключом -p;
ranlib  — добавление таблицы индексов библиотеки созданной ar в эту же библиотеку;
SCCS (Source Code Control System)  — это набор утилит, предназначенных для управления версиями исходных текстов программ, в состав SCCS входят утилиты admin(1), cdc(1), comb(1), delta(1), get(1), prs(1), rmdel(1), sccsdiff(1), val(1), what(1);
sdb  — символьный отладчик (Symbolic Debugger);
shar  — создание самораспаковывающихся кодированных архивов для отправки по почте;
size  — выдает количество байт, занимаемое тремя секциями (.text, .data и .bss) объектного файла обычного формата при загрузке его в память для выполнения;
strace  — трассировка системных вызовов, осуществляемых программой указанной в параметре;
strip  — удаляет из объектного файла обычного формата таблицу имен и информацию о номерах строк;
sum  — расчет контрольной суммы;
Xdialog  — позволяет создавать диалоги в X из скрипта.